A fiscalização indireta é uma modalidade de fiscalização já prevista, que consiste na análise documental, a partir de notificações  aos empregadores, por via postal ou por outro meio de comunicação. Com a Instrução Normativa, ficam regulamentadas duas modalidades de fiscalização indireta: a “presencial” e a “eletrônica”.

Na presencial, os documentos ou comprovação de cumprimento de obrigações devem ser apresentados nas unidades descentralizadas do Ministério do Trabalho e Emprego (MTE). Já a modalidade eletrônica dispensa o comparecimento do empregador ou de seu preposto, requerendo a apresentação de documentos em meio digital, via correio eletrônico  institucional à unidade descentralizada do MTE. Caso não sejam encaminhados os documentos exigidos na notificação, o Auditor Fiscal do Trabalho poderá lavrar um auto de infração.